Conan Edogawa, Detektif Cilik, dan Profesor Hiroshi Agasa memutuskan untuk mengunjungi Menara Kembar Nishitamashi. Di sana mereka bertemu dengan Ran Mouri; sahabatnya, Sonoko Suzuki; dan ayah Ran, Kogorou yang terkenal. Mengetahui bahwa ketiganya akan menghadiri peresmian menara tersebut, Conan dan kawan-kawan ikut serta untuk tur pribadi ke setiap lantainya. Namun, saat persiapan upacara pembukaan hampir selesai, kunjungan mereka berubah tak terduga—tiga pembunuhan brutal terjadi, yang tampaknya terkait dengan Porsche 356A misterius. Tak lama kemudian, saat Conan dan para detektif menyelidiki kasus ini lebih dalam, menara-menara tersebut diguncang oleh ledakan. Dengan api yang menyebar dengan cepat dan nyawa dalam bahaya, polisi mati-matian berusaha mengevakuasi semua orang. Tetapi ketika lift, satu-satunya jalan keluar mereka, jatuh, Conan dan kawan-kawan tertinggal. Dengan bantuan yang sedang dalam perjalanan, mereka dengan panik mencoba menjaga keselamatan semua orang, tetapi waktu semakin habis jika mereka ingin membawa para pelaku ke pengadilan.