Kapal perang Aegis Destroyer sedang melakukan latihan publik di Teluk Maizuru, di mana secara kebetulan, sebuah kapal asing yang mencurigakan baru-baru ini terlihat. Conan Edogawa, Ran Mouri, Kogorou Mouri, Sonoko Suzuki, dan Detektif Cilik semuanya menerima tiket untuk menghadiri acara ini. Namun, saat operasi militer sedang berlangsung, salah satu anggota kru menemukan lengan kiri seorang letnan yang terputus. Conan kemudian menemukan bahwa seorang mata-mata asing mungkin telah menyusup ke kapal perang untuk mendapatkan informasi rahasia dengan cara apa pun. Jika informasi tersebut bocor, garis pertahanan Jepang akan terekspos, membuat negara itu tidak terlindungi dari serangan musuh. Dengan bantuan polisi di laut sementara teman dan sekutu lainnya menyelidiki di daratan, Conan sekarang harus mencegah krisis nasional ini dan mengidentifikasi mata-mata tersebut demi Jepang.