Lima belas tahun yang lalu di hamparan tandus Pasifik, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan hilang di laut. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro—seorang insinyur kapal—meninggal dalam kecelakaan mobil yang fatal. Hubungan yang tak terduga antara peristiwa-peristiwa ini baru terungkap di kapal pesiar mewah St. Aphrodite selama pelayaran perdananya. Di atas kapal tersebut, dalam liburan yang sangat dibutuhkan, Kogorou Mouri, putrinya Ran, Conan Edogawa, dan Detektif Cilik menikmati perjalanan yang disponsori oleh keluarga Sonoko Suzuki. Namun kesenangan mereka segera terhenti ketika permainan petak umpet menyebabkan hilangnya Sonoko. Beberapa waktu kemudian, CEO grup Yashiro, yang membangun St. Aphrodite, ditemukan tewas ditikam dan ayahnya hilang. Sementara penyelidikan polisi menemui jalan buntu, Conan semakin mendekati pelakunya. Karena tidak mau ditangkap, pelaku mengancam akan meledakkan St. Aphrodite dan menenggelamkan semua penumpangnya. Saat lambung kapal dengan cepat terisi air, kebenaran di balik pembunuhan penuh dendam akhirnya terungkap. Tanpa tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou harus bergulat dengan pelaku yang sulit ditangkap sebelum semua orang di kapal terseret ke dasar laut.