Sekembalinya ke Konohagakure, para ninja muda merayakan kemenangan mereka atas sekelompok orang yang diduga anggota Akatsuki. Namun, Naruto Uzumaki dan Sakura Haruno memiliki perasaan yang berbeda. Naruto iri dengan keluarga rekan-rekannya yang memberikan ucapan selamat, dan mendambakan kehadiran orang tuanya sendiri. Di sisi lain, Sakura marah pada orang tuanya yang memalukan, dan berharap tidak memiliki orang tua sama sekali. Keduanya berkonflik karena idealisme mereka yang bertentangan, tetapi dihadapkan pada masalah yang lebih mendesak ketika Madara Uchiha yang bertopeng tiba-tiba muncul dan memindahkan mereka ke dunia alternatif. Di dunia ini, orang tua Sakura dianggap sebagai pahlawan—karena mereka mengorbankan nyawa mereka untuk melindungi Konohagakure dari serangan Rubah Ekor Sembilan 10 tahun yang lalu. Akibatnya, orang tua Naruto, Minato Namikaze dan Kushina Uzumaki, masih hidup dan sehat. Karena tidak dapat kembali ke rumah atau menemukan Madara yang bertopeng, Naruto dan Sakura tinggal di dunia baru ini dan menikmati perubahan yang selalu mereka dambakan. Semuanya tampak baik-baik saja bagi kedua ninja itu, sampai ancaman tak terduga muncul yang mendorong Naruto dan Sakura untuk tidak hanya berjuang demi Konohagakure di dunia alternatif, tetapi juga untuk menemukan jalan kembali ke dunia mereka sendiri.