Hari yang dinantikan, pembukaan jalur kereta bawah tanah Tokyo yang baru, Jalur Touto, telah tiba, tetapi sebuah insiden pengeboman menghentikan semua perayaan. Gubernur Tokyo terjebak dalam ledakan saat berada di dalam kereta, tetapi untungnya ia dan semua orang yang hadir diselamatkan oleh kecerdasan dan tindakan cepat Conan Edogawa. Tertarik dengan insiden tersebut, Conan meneliti sejarah politik gubernur dan menemukan bahwa pria itu bertanggung jawab atas penghancuran sebuah desa di Niigata untuk membangun Bendungan Kitanosawa. Percaya bahwa serangan itu terkait dengan pembangunan bendungan, Conan, ditem ditemani oleh Ran Mouri, Kogorou Mouri, Profesor Agasa, Sonoko Suzuki, dan Detektif Cilik, memutuskan untuk mengunjungi desa tersebut dan menyelidikinya. Di sana, mereka bertemu dengan sekelompok penduduk setempat yang tinggal di desa lama sebelum dihancurkan. Namun, tepat ketika satu misteri mengarah ke misteri lainnya, salah satu penduduk setempat dibunuh. Curiga bahwa sesuatu yang jauh lebih jahat sedang terjadi, Conan bersumpah untuk mengungkap kebenaran di balik kedua insiden ini sebelum terlambat.