Dengan melancarkan serangan mendadak yang dahsyat, ninja terbang dari Negeri Langit berupaya membalas dendam terhadap musuh lama mereka, Konohagakure. Meskipun sangat ingin bergabung dalam pertempuran, Naruto Uzumaki ditahan oleh Shinnou, seorang dokter misterius yang membutuhkan bantuannya untuk menyelamatkan seseorang yang terluka. Saat mengantarkan pria yang terluka itu ke rumah sakit, Naruto secara tak terduga bertemu dengan Amaru—seorang pemuda pember rebellious dari desa tetangga yang sangat membutuhkan bantuan Shinnou. Sementara itu, saat para penyerang mundur untuk memulihkan pasukan mereka, Tsunade memanfaatkan kesempatan untuk mengirim tim kecil termasuk Sai, Shikamaru Nara, dan Kakashi Hatake untuk menyerang markas mereka. Bersamaan dengan itu, ia menugaskan Naruto, Sakura Haruno, dan Hinata Hyuuga untuk menemani Shinnou dan Amaru dalam perjalanan mereka. Namun, selama waktu ini, Orochimaru memiliki rencananya sendiri: ia memerintahkan Sasuke Uchiha untuk membawanya dokter yang ahli dalam teknik reinkarnasi. Saat kelompok pengawal secara tidak sengaja mengungkap kebenaran jahat di balik serangan tersebut, rencana-rencana yang kacau pun mulai dijalankan. Namun, bahkan ketika dihadapkan dengan pertemuan yang tak terduga, Naruto tidak goyah dalam upayanya untuk mengakhiri peperangan dan dampak buruknya.