Di bawah kegelapan malam, seorang samurai bertopeng membunuh lima orang di seluruh kota metropolitan Jepang: tiga di Tokyo, satu di Osaka, dan yang terakhir di Kyoto. Dalam penyelidikan mereka, polisi mengetahui bahwa masing-masing orang tersebut adalah anggota Genjibotaru—sebuah geng pencuri yang berpusat pada pencurian patung dan artefak Buddha dan menggunakan nama-nama pelayan Minomoto no Yoshitune. Tanpa motif yang jelas atau petunjuk tentang identitas anggota lainnya, kasus ini menjadi buntu hingga sebuah kuil di Kyoto memanggil Kogorou Mouri yang terkenal. Setelah menerima surat anonim yang berisi teka-teki aneh, para biksu kuil meminta bantuannya untuk memecahkan teka-teki tersebut guna menemukan kembali patung mereka yang telah lama hilang. Sementara itu, Conan Edogawa dan detektif SMA Heiji Hattori bekerja sama untuk memecahkan teka-teki misterius tersebut dan menemukan pembunuhnya, sementara Hattori mencari cinta masa kecilnya. Dengan pengetahuan Hattori tentang Kyoto, keduanya menyusuri jalanan dan secara bertahap menemukan kebenaran, tetapi tidak sebelum si pembunuh menyerang lagi—membunuh anggota Genjibotaru lainnya dan, setelah beberapa kali mencoba membunuh Hattori, akhirnya menculik kekasih masa kecil Hattori. Hanya dengan bekerja sama untuk mengungkap petunjuk yang terkubur, Conan dan Hattori dapat berharap untuk mengakhiri pertumpahan darah samurai jahat itu dan menyelamatkan cinta Hattori.