Saat berkendara bersama Jack Atlas dan Crow Hogan, Stardust Dragon milik Yuusei Fudou ditangkap oleh Paradox, seorang Duelis Turbo misterius dari masa depan, selama Duel Turbo dan diubah menjadi Monster Dosa. Dengan bantuan Crimson Dragon, Yuusei mengejar Paradox saat ia memasuki celah waktu, dan berakhir di masa lalu. Selama waktu ini, Paradox berduel melawan Jaden Yuki, yang masih mampu menggunakan kekuatan Yubel dan Raja Tertinggi. Namun, pada saat itu Paradox juga telah menangkap Cyber ​​End Dragon dan Rainbow Dragon dan mengalahkan Jaden. Ia diselamatkan berkat Yuusei dan Crimson Dragon. Jaden memberi tahu Yuusei tentang niat sebenarnya Paradox. Dengan mencuri berbagai monster dari berbagai waktu dan mengubahnya menjadi jahat, ia berencana untuk membunuh Maximillion Pegasus, pencipta Duel Monsters, mencegah permainan tersebut tercipta dan menyebabkan peristiwa di ketiga seri tersebut tidak pernah terjadi. Yuusei dan Jaden setuju untuk mengejar Paradox, yang membawa mereka ke masa lalu dan menyebabkan pertemuan dengan Raja Permainan, Yuugi Mutou. Namun, pada saat Yuusei dan Jaden tiba, Paradox telah menyerang zamannya, diduga membunuh Pegasus dan kakek Yuugi, dan juga berhasil mencuri Blue-Eyes White Dragon dan Red-Eyes Black Dragon. Setelah menjelaskan semuanya kepada Yuugi, dia setuju untuk bertarung bersama Yuusei dan Jaden melawan Paradox dalam duel tiga lawan satu pamungkas untuk membebaskan monster yang terperangkap dan menyelamatkan dunia dan waktu itu sendiri sebelum terlambat.