Setelah menjalani hari-hari damai di dojo Kamiya, Kenshin Himura mendapati dirinya berada di persimpangan jalan yang krusial, karena sumpahnya untuk tidak pernah mengakhiri hidup diuji hingga batas maksimal. Setelah pembunuhan mantan komandannya, ia kini harus kembali menempuh jalan kekerasan dan pertumpahan darah untuk menjatuhkan Makoto Shishio—pembunuh ulung yang menyebut dirinya penerus Battousai yang terkenal kejam. Dengan ambisi untuk menggulingkan pemerintahan Meiji dan membangun kekuasaannya di Kyoto, Shishio telah dengan cermat merencanakan selama satu dekade, membangun kekuatan militer anti-pemerintah yang tangguh. Kini, Shishio mengarahkan pandangannya untuk merekrut Aoshi Shinomori, seorang pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin kelompok prajurit legendaris Oniwaban. Saat Kenshin melakukan perjalanan melalui sebuah desa yang ditinggalkan oleh pemerintah dan saat ini berada di bawah kekuasaan tangan besi anak buah Shishio, ia bertekad untuk mencegah negara itu kembali terjerumus ke dalam perang saudara. Ia bersekutu dengan mantan rivalnya, Hajime Saitou, membentuk kemitraan yang rapuh dalam pertempuran melawan kekaisaran Shishio yang akan menentukan nasib Jepang.