Selama diskusi mereka tentang penyelidikan sensitif A, Raikage Keempat, dan bawahannya disergap oleh seorang penyusup berjubah. Saat pemimpin Kumogakure itu menangkis serangan tersebut, ia terkejut menemukan bahwa pelakunya adalah Naruto Uzumaki! Namun, upaya pembunuhan itu bukanlah satu-satunya kejahatan yang dikaitkan dengan ninja muda tersebut, yang dengan tegas membantah tuduhan itu. Untuk menghindari konflik diplomatik, Tsunade secara paksa mengirimnya ke Kastil Houzuki di Kusagakure—penjara dengan keamanan maksimum yang diperuntukkan bagi penjahat ninja—sampai situasi tersebut terselesaikan. Meskipun kekuatannya segera ditekan oleh Mui, sipir penjara yang memiliki kemampuan untuk menyegel chakra, Naruto dengan gegabah melakukan upaya melarikan diri yang sia-sia. Tetapi dengan bantuan dua narapidana lainnya, ia menyadari bahwa ada lebih banyak hal di fasilitas penahanan legendaris ini daripada yang terlihat. Mengungkap rahasia yang mengerikan, ketiganya memulai operasi berbahaya yang mungkin menjadi satu-satunya kesempatan Naruto untuk membebaskan diri dan membuktikan ketidakbersalahannya.