Lokasi kali ini berada di laut dekat pulau Hachijo-jima, Tokyo. Para insinyur dari seluruh dunia berkumpul untuk pengoperasian skala penuh "Pacific Buoy," sebuah fasilitas lepas pantai untuk menghubungkan kamera keamanan milik pasukan polisi di seluruh dunia. Uji coba "teknologi baru" tertentu yang berbasis pada sistem pengenalan wajah sedang berlangsung di sana. Sementara itu, Conan dan Detective Boys mengunjungi Hachijo-jima atas undangan Sonoko dan menerima telepon dari Subaru Okiya yang memberi tahu mereka bahwa seorang karyawan Europol dibunuh di Jerman oleh Jin dari Organisasi Hitam. Conan, yang merasa gelisah, menyelinap ke fasilitas tersebut dan menemukan bahwa seorang insinyur wanita telah diculik oleh Organisasi Hitam...! Lebih jauh lagi, sebuah USB drive yang berisi informasi tertentu yang dimilikinya jatuh ke tangan organisasi tersebut... Bayangan hitam juga mengintai Ai Haibara...