Shinichi Kudou, seorang siswa SMA dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, ia tanpa sengaja menjadi saksi aktivitas ilegal yang meresahkan. Sayangnya, ia tertangkap basah, sehingga para pria tersebut memberinya obat eksperimental yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya dalam keadaan sekarat. Namun, yang mengejutkannya, Shinichi selamat dan hidup kembali, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun. Dengan tetap mempertahankan kecerdasannya yang asli, ia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia menggunakan nama samaran Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa. Shinichi, sebagai Conan, mulai secara diam-diam memecahkan kasus-kasus Mouri senior dari balik layar dengan kemampuan detektifnya yang masih luar biasa, sambil secara sembunyi-sembunyi menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas kondisinya saat ini, dengan harapan dapat membalikkan efek obat tersebut suatu hari nanti.